结构上，立式加工中心的主轴为垂直状态，而卧式加工中心的主轴为水平状态。立式加工中心的Z轴垂直向下运动完成加工，而卧式加工中心的Z轴水平向下运动完成加工。

工作台方面，立式加工中心的工作台通常是十字滑块T型槽工作台结构，有两套垂直运动机构负责运动方向。而卧式加工中心的工作台只针对X方向或Y方向的运动而设计，工作台形式一般为网格螺丝孔工作台旋转工作台。

加工方式上，立式加工中心适合加工盘、套、板类零件，且由于立柱和换刀装置的高度限制，无法处理过高的零件。而卧式加工中心通常都带有自动分度的回转工作台，它一般具有3～5个运动坐标，最适合加工箱体类零件。